脳ドッグに行ってきた。→MRIの画像データをもらった。（DICOMファイル）→k-spaceは入ってなかった。

先に断っておく。

• 医療情報っぽいことを書いたが、自分は医療従事者でもなんでもない。
• 嘘を書いたつもりはない。しかし、間違っていても、責任は持てない。

脳ドッグに行ってきた。→MRIの画像データをもらった。（DICOMファイル）→残念ながら、k-spaceは入ってなかった。
しょうがないので、画像データを二次元フーリエ変換してみた。

MRIとは

MRI（Magnetic Resonance Imaging: 磁気共鳴画像）のこと。
装置は、google検索でトップだった、このサイトの画像のまさにこれ。これの中に入ってきた。

MRIの結果とフーリエ変換

MRIによって、脳とか、心臓の断面画像が手に入る。

この画像の元データがk-spaceとかいうデータで、
これを二次元フーリエ変換すると、断面画像ができるということで、これが欲しかった。
（逆二次元フーリエではないらしい。空間周波数のデータを、フーリエ変換するって何かいつもと違うのがいやだけど。）
脳ドッグでは、MRIを使うそうな。
だから、無保険（16万自腹）でちょっと高めの脳ドッグを受けてみた。

しかし、遊び目的ではない。

たぶんTIA（Transit Ischemic Attack：一過性脳虚血発作）ってやつにかかったかもしれないと思う出来事があった。
だから、脳の精密検査をしたかった。こっちが本当はメイン。

先日、ジムに行っていたときのこと。
週１で、トレッドミル（ランニングマシン）で10km走るのが習慣になっていた。10.5 km/h
換気が悪いなぁと思っていた。

そしたら汗をいつも以上にかいてしまったらしく、脱水症っぽい感じになった。
さらにひどいことに、走り終わった後、手がしびれ、ろれつが回らない状態になった。
こんなん初めて。

ポカリをたくさん飲んだら治った。
先月は、これについて書こうとしていたが、pythonの話とは毛色が違い、話がまとまらなかったため、投稿を断念した。上記のようなことを書こうとしていた。

脳が悪いのか！？と思って怖くなった。

#7119（神戸で救急車が必要か判断できない人のための電話番号）に電話したら、看護師さんにつないでくれて、事情を、上記以上に話して、何個か簡易テスト的なのを指示されて行ったら。「緊急性はないですね。けど、早いうちに医療機関に受診されたほうがいいですよ」とのこと。

もともと、k-space画像が欲しかったので、いわれなくても受けるつもりではあった。
しかし、もともと脳ドッグを予約していた日時（2か月くらい先）を言うと、
看護師さんがちょっと訂正するような口調で「っ、もうちょっと、早いほうが、いいですね」と言われてしまった。

で、直近の土曜日に、脳ドッグを受けた。

その結果が、3週間後（今）に届いた。
結果は、大丈夫だった。
どっか、血管が詰まっているとかはなかった。

ただ、そのほか健康面（コレステロールとか血圧とか）で、所見があったので、結果として行ってよかった。

MRIした感想

• 狭い
• 装置の音がすごかった。
• ヘッドフォン装着→音楽は選べた。

• 体は拘束された状態だった。

• 「息を吸ってー、、、息を止めて。」と何回か指示が来た。

• 「血管を拡げるげるお薬」なるスプレーを舌にかけられた。→寝すぎた時の頭痛と同じ状態に。
  スプレー１吹きで、体にあんな変化があるなんて、「医療すごい」ってなった。

DICOMファイル

医療情報の画像データの規格らしい。
画像のみならず、音声データ等も保存できるそうな。
その他、情報がたくさん詰まっている。

「これに、k-spaceが！？」と思い、
メモ帳で開くと、ところどころ文字化け。バイナリファイルなんでしょう。きっと。

DICOMファイルは、アップロードしない。
なぜならば、

• 自分の個人情報
• 受診した病院名　所在地
• オペレーターの氏名

などが書いてあったから。
自分のは情報はいいとして、自分以外の情報を公開するのは気が引ける。
たとえやっても法律上問題ないとしても気が引ける。

なので、結果画像だけ読み込んでみた。
そしたら、すでに画像化されていた。
k-spaceのデータは含まれていないようです。

まぁそりゃそうだよなぁ。
医療従事者が二次元フーリエ変換なんで遊ぶ必要ないもん。
患者さんを助ける情報が必要なだけだもん。

というか、オペレーターの方が、「k-spaceはあげられないんですよぉー」（にこっ）
っておっしゃっていた気がする。いまさら思い出す。
MRIの技師の方は、二次元フーリエ変換知ってた。やはり使うんだろうか。

dicomファイルの中に、機械の製造者の情報（？）が、Philipsとなっていた。
Philipsといえばシェーバーの会社じゃないですか。
髭剃りだけじゃなかったんだな。
https://ja.wikipedia.org/w/index.php?title=%E3%83%95%E3%82%A3%E3%83%AA%E3%83%83%E3%83%97%E3%82%B9&oldid=69059425

pydicom

pythonでdicomファイルを開くには、このpydicomがいる。

1. dicomファイルを読む(画像のnumpy arrayを含むデータの読み込み)
2. matplotlibで、numpy arrayをimshow
   という、いつもの流れだった。

PythonでDICOM画像をなんとかするここが詳しい。

cmdで、全部小文字で、

pip install pydicom

だった気がする。間違ってたらごめん。
当然ですがpipが入ってないと、効かない。

環境

python2.7
pydicom, numpy, matplotlib, tkFileDialog

コード

• このプログラムは、DICOMファイルを開いて、画像化するプログラムです。
• 二次元フーリエ変換した画像も併せて載せていますが、これは（多分）k-spaceではありません。
• DICOM以外のファイルを開いた時の挙動は意図していません。

import pydicom as dc
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt


import tkFileDialog as tk
name = tk.askopenfilename(filetypes=[("dicom",("all","*.*"))])
d = dc.read_file(name)


mx = np.max(np.real(np.fft.fft2(d.pixel_array)))/100000.

f,((ax1,ax2),(ax3,ax4))=plt.subplots(2,2)

ax1.imshow(d.pixel_array, cmap="gray")
ax2.imshow(np.abs(np.fft.fft2(d.pixel_array)), vmin=0, vmax=mx*1000, cmap="gray")
ax3.imshow(np.real(np.fft.fft2(d.pixel_array)), vmin=-mx, vmax=mx, cmap="gray")
ax4.imshow(np.imag(np.fft.fft2(d.pixel_array)), vmin=-mx, vmax=mx, cmap="gray")

ax1.set_title("pydicom pixel_data")
ax2.set_title("2DFFT absolute value")
ax3.set_title("2DFFT real part")
ax4.set_title("2DFFT imaginary part")

plt.show()

プログラムの実行方法

上記コードを、テキスト帳にコピーし、「a.py」というファイル名で保存。
↓
そのファイルが表示されているブラウザ上で、普段アドレスが表示されているところに、

cmd

と入力し、Enterキーを押す。
（もしくは、ブラウザ上の何もないところを、shift+右クリックして、「PowerShellWindowをここに開く」をする。）
↓
そうすると、黒い画面（青い画面）が出てくる。
↓
その画面上で、

python a.py

と入力すると、実行できる。ファイルダイアログが出るはず。
（pythonのフォルダが、環境変数で適切に設定してあればの話。）dicomファイルを選ぶと、画像が表示される。

• 画像データはnumpy arrayで返ってくる
• 画像は、mm感覚で撮影されているらしい
  なので、3次元でプロットすれば、立体的に見れるはず。
  大変そうだからまだやらない。